Στη συνείδηση των εμπνευστών υπήρχε πάντα η συνεργασία, η συλλειτουργία, η συμπληρωματικότητα των δύο μουσείων. Τα εμπνεύστηκαν ως ζώντα στοιχεία, ως κέντρα έρευνας και δημιουργίας, κέντρα πολιτισμού και όχι ως βιτρίνες θνησιγενών αντικειμένων.
Ο Βασίλης Παπαγεωργίου γράφει:
“Έχοντας στην κατοχή τους πλήθος θησαυρούς της λαϊκής ζωγραφικής και αρχιτεκτονικής καλούνται να διαδραματίσουν ένα πολυσχιδή ρόλο, τόσο στον επιστημονικό τομέα όσο και στον τομέα της πληροφόρησης. Αρωγός στο έργο μια πλουσιότατη βιβλιοθήκη περίπου 3.000 τόμων συγγραμμάτων, κυρίως στον εξειδικευμένο χώρο της λαϊκής δημιουργίας.
Κέντρο έρευνας τα δύο Μουσεία φιλοδοξούν με τη συνολική πολιτική τους και τον καθορισμό ευρύτερων στόχων να καταστούν πόλος έλξης μελετητών κάθε κατηγορίας. Επιπλέον τα αρχεία εγγράφων και φωτογραφιών, επιστημονικώς αξιοποιημένα, θα αποτελέσουν πηγή δημιουργικής προσέγγισης της ιστορίας της λαϊκής τέχνης.
Στις δραστηριότητες αλλά και στις επιδιώξεις τους εντάσσονται οι παντοδαπές εκδόσεις, οι ηλεκτρονικές παραγωγές (multimedia, CD-ROM, internet), η διεξαγωγή μικρών επιστημονικών συναντήσεων, η οργάνωση εκπαιδευτικών προγραμμάτων, καθώς και οι εκθέσεις, διαλέξεις και κύκλοι μαθημάτων για τη λαϊκή αρχιτεκτονική, ξυλογλυπτική και ζωγραφική. Στόχος των δύο Μουσείων είναι η συνέχιση, και η ολοκλήρωση της αναλυτικής καταγραφής και της συνθετικής ανάδειξης του πλούσιου υλικού τους με τη χρησιμοποίηση σύγχρονων μεθόδων και μέσων”.